به نظر می­ رسد که آموزش دین به صورت فعلی به دلیل عدم انسجام و پراکندگی و تکیه بر روش های فلسفی و کلامی، آسیب­ های فراوانی دارد که باید هرچه سریع ­تر از این آسیب ­ها جلوگیری شود. آنچه امروز به ­عنوان دین خصوصاً در کتب آموزش دین به نوجوانان و جوانان عرضه می ­شود،

اولاً خودِ دین نیست، بلکه عمدتاً علم کلام اسلامی است. این علم، «علم دفاع از دین» است نه روش کاملی برای آموزش دین! و چون مشحون از استدلال ­های عقلی است، فهم آن، سخت، پیچیده و دیریاب است و طبعاً نحوه ­ی آموزش آن هم خشک و بی ­روح است و موجب ملالت و بی ­انگیزگی متربّی می­ شود؛ علاوه­ بر این چون متربی ارتباطی بین مسائل و دغدغه ­های درونی خود با آنچه آموزش می­ بیند، نمی ­یابد؛ نمی­ تواند همدلانه و از سرِ شوق مباحث آموزشی را پیگیری کند.

ثانیاً در فرآیند معمول آموزش­ های دینی، موضوعات دینی در سه بخش اعتقادات، احکام و اخلاق ارائه می ­شود که این نیز آفتی بزرگ برای تعلیم و تربیت دینی است؛ زیرا متربی قادر به کشف و ارتباط­ دهی بین موضوعات اعتقادی با احکام و اخلاق نخواهد بود و همواره در یک سردرگمی به ­سر می ­برد و از این سردرگمی رنج می ­برد و یا تک­ بعدی رشد می­ کند؛ آن هم رشد علمی، نه رشد روحی و عقلی.